Le scénario du jeu est raconté en deux parties : une partie où on joue David Mason (en 2025) accompagné de ses coéquipiers et amis Salazar et Harper, où ils doivent tenter de déjouer les plans de Menendez, et une partie où Woods raconte à David Mason comment son père l’a sauvé, et narre également les missions où ils étaient supposés capturer Menendez au début de son ascension. Les missions avec Woods et Mason père se déroulent dans les années 1980.
Victoire pyrrhique (1986)
David Mason et Mike Harper se rendent chez Frank Woods pour l’interroger au sujet de Raul Menendez, chef du groupe terroriste Cordis Die. C’est alors que Woods, maintenant en fauteuil roulant et dans une maison de retraite, âgé de 95 ans, raconte le premier flashback de l’histoire en Angola. Alex Mason, s’amusant avec son fils David, est rappelé par Jason Hudson et la C.I.A pour sauver Woods. Ces hommes s’envolent en Angola, en pleine guerre civile, et sont aidés par un chef africain, Jonas Savimbi, voulant éliminer le MPLA. Ce dernier, après une bataille contre le MPLA, indique la position de Woods : enfermé dans un cargo par un Nicaraguayen (en l’occurrence Raul Menendez). Quand Mason et Hudson essaient de sauver Woods, ils se font attaquer par un hélicoptère d’attaque Mi-24 Hind. Après une lutte acharnée, Mason, Woods et Hudson se rendent dans une jungle abritant un village et une radio. Mason arrive à maîtriser l’opérateur radio mais celui-ci refuse de lui obéir ; il s’agit de Raul Menendez. Lors de l’altercation, Mason réussit à blesser Menendez en lui tirant une balle dans l’œil, et s’enfuit. Ils sont secourus par un hélicoptère dirigé par Jonas Savimbi ; Frank Woods est ainsi sauvé.
Célérium (2025)
David « Section » Mason et Mike Harper se rendent à une base de Menendez en Birmanie. En longeant la paroi d’une falaise, ils rejoignent Crosby et Salazar, où ils utilisent des Wingsuits pour se rendre à la base de Menendez. Après avoir éliminé tous les ennemis (dont certains équipés d’un camouflage optique les rendant très difficiles à repérer), ils pénètrent dans la base souterraine et font la connaissance des ASD (drones sur chenilles équipés de mitrailleuses et de lance-grenades). Après avoir nettoyé la base de Menendez, ils arrivent dans une salle de fabrication de boucliers d’assaut où ils rencontrent le Dr Erik qui travaille sur le célérium. Lorsque les ennemis contre-attaquent, Harper décide alors d’essayer les boucliers d’assaut. Durant l’assaut des forces ennemies, le docteur Erik donne la puce de célérium à Section, mais meurt d’une balle dans le cou par la suite. Section, Harper, Salazar et Crosby reviennent sur leurs pas tout en éliminant le reste des renforts ennemis sur leur passage. Ils retrouvent KRAKEN (l’amiral Briggs) et lui donnent la puce de célérium.
Vieilles blessures (1986)
Mason et Woods sont envoyés en Afghanistan pour soutenir les moudjahidines contre l’invasion soviétique d’Afghanistan en échange de quelques informations sur Menendez. Ils parcourent le désert à cheval afin d’anéantir les forces ennemies cachées dans les canyons bordant leur chemin. Lors de l’assaut final, le cheval de Mason tombe à la suite de l’explosion d’un obus tiré par un char, mais Mason parvient à s’écarter et évite de justesse un char géant . Woods accourt avec son cheval et aide Mason à monter sur le char afin de le détruire avec l’un des mortiers qu’il possède. Mais au moment de jeter le mortier dans le char, Lev Kravchenko (un des principaux antagonistes du premier opus) sort du véhicule et empêche Mason d’accomplir sa tâche. S’ensuit un combat entre les deux personnages, que Mason remporte, à la suite de quoi il fait finalement exploser le char. Kravchenko est alors fait prisonnier et se fait interroger par Woods. Lors de l’interrogatoire, Mason recommence à revoir les nombres qui lui sont apparus quelques années auparavant. En revoyant Kravchenko, il entend à l’intérieur de sa tête la voix de Reznov lui dire « Kravchenko doit mourir ! ». Il parvient tant bien que mal à résister à cet ordre. Alors Kravchenko avoue que Menendez lui achetait des armes pour se faire de l’argent, car l’URSS est en pleine crise, et que seul l’argent compte dorénavant. Il dit notamment que Menendez a des contacts partout, et même à la C.I.A. Woods ne le croit pas, et lui tire une balle dans la tête. Les moudjahidines se rebellent alors et capturent Mason, Woods, Hudson et Zhao (un officier chinois coopérant avec les Américains) car ils travaillaient eux aussi avec Menendez. Mason, Woods, Hudson et Zhao sont abandonnés dans le désert, mais sont sauvés plusieurs heures plus tard par des nomades (Mason, à la suite de sa vision des nombres, croit apercevoir le visage de Reznov).
Remarque : Lors de l’interrogatoire, on peut laisser Mason se faire de nouveau manipuler par les nombres, et donc le laisser tuer Kravchenko. Dans ce cas-là, la mission sera quand même accomplie mais l’interrogatoire restera incomplet.
Base Spectre (Force d’assaut 2025)
Section envoie le JSOC défendre la Base Spectre menacée par la SDC. Ils devront protéger la communication satellite, la tour de refroidissement et le générateur. Si deux de ces points stratégiques tombent, les portes de la base s’ouvriront. La SDC pourra alors s’attaquer à l’ordinateur central ; si la SDC s’empare de Spectre, ils pourront prendre le contrôle de l’Inde. Mais le JSOC triomphe de la SDC et l’Inde est ainsi sauvée.
Temps et Destinée (1986)
Mason, Woods, Hudson et Manuel Noriega (le président du Panama) observent Menendez dans sa chambre aux côtés de sa sœur Joséfina. Noriega envoie ses hommes pour capturer Raul mais l’un d’eux s’en prend à sa sœur. Menendez fonce vers lui, prend un morceau de verre coupant et l’égorge violemment avant de se faire tranquilliser. Mason et l’armée du Panama s’infiltrent dans le village en éliminant les hommes du cartel. Mais Noriega, s’étant allié avec Menendez, libère ce dernier. Fou de rage, Menendez s’en prend à lui et court sauver sa sœur tout en éliminant les soldats se dressant sur son passage grâce aux armes de Noriega. Mason et Woods se rendent finalement dans un laboratoire de cocaïne, et trouvent un mémo de la C.I.A. Ils rejoignent la maison, et Woods tente de tirer sur Menendez ; Mason l’en empêche, mais Woods réussit quand même à lancer une grenade qui tue Joséfina. Menendez semble avoir péri dans l’explosion, mais il n’est que blessé ; de retour en 2025, Woods affirme que Menendez est toujours vivant.
Ange déchu (2025)
Section, Harper et Salazar sont envoyés à Anthem pour enregistrer les conversations de Menendez et DeFalco (son bras droit), mais à leur arrivée ils sont pris en embuscade par les hommes de Menendez. Ils se font également attaquer par un drone, mais celui-ci est abattu. Ils pénètrent ensuite dans la rue inondée tout en éliminant les ennemis avec l’aide de Brutus et de Maximus (deux CLAWs). Après avoir failli se faire écraser par un bus, ils pénètrent enfin dans Anthem. Section et Harper doivent se faufiler dans les égouts tout en esquivant les drones, de dangereux hélicoptères équipés de lasers destructeurs. Arrivés dans les égouts, Harper entend plusieurs hommes parler avant de contacter Briggs. Section et Harper se faufilent sur les toits et enregistrent les conversations de Menendez. Menendez parle ensuite à DeFalco d’un drone américain abattu et d’une arme dénommée Karma. Harper et Section essayent une dernière fois d’enregistrer Menendez, mais ils se font repérer. Section et Harper s’enfuient en éliminant les ennemis sur la route. Section prend le contrôle de Maximus et de Brutus pour dégager la voie car toute la base les retient dans un garage. Salazar et Crosby rappliquent et les font sortir d’ici. Section recontacte Briggs et ce dernier leur explique qu’ils vont devoir partir par la force. Section conduit une Jeep avec Harper à la mitrailleuse. Avec l’aide d’un drone, ils vont éliminer tous les ennemis en Jeep mais le drone se fait détruire et un feu commence à se propager dans la cité. Harper reçoit un jet de flamme qui lui brûle son visage. Ils rejoignent le point d’évacuation mais les Chinois, dirigés par Tian Zhao, les y attendent. Section lui explique qu’ils sont là pour Menendez ; Zhao fait baisser les armes, car celui-ci en veut aussi à Menendez.
Remarque : on peut aussi éviter le jet de flamme afin d’éviter que Harper ne se brûle.
Épave (Force d’assaut 2025)
Section envoie le JSOC détruire un navire commercial contenant des missiles Don-Feng capables de détruire l’USS Barack Obama. Pour cela ils doivent d’abord neutraliser les systèmes LEL ainsi que le point de défense central. Après cette mission accomplie, un des soldats doit envoyer un missile Hellstorm sur le navire. L’Iran est ainsi sauvé.
EEI (Force d’assaut 2025)
Mason envoie des robots du JSOC protéger un convoi dans lequel se trouve le président afghan et d’autres VIP et que la SDC veut éliminer. Seuls les Dragonfire et les ASD protègeront le convoi. La SDC posera des EEI (une sorte de mine) afin de détruire les quatre véhicules du convoi. La SDC attaquera aussi à dos de cheval et sera équipée de lance-roquettes. Des chars seront aussi présents. Quand le convoi sera en sécurité, les CLAWs finiront le boulot.
Karma (2025)
Grâce à la conversation entre Menendez et Defalco enregistrée par Section, la JSOC découvre que l’arme Karma se trouve dans la ville flottante de Colossus. Section, Harper et Salazar s’y rendent donc pour la trouver, mais des mercenaires travaillant pour Menendez ont infiltré le bateau. Ceux-ci piègent le bateau pour créer une diversion afin de s’enfuir une fois Karma trouvée. Section et Salazar se rendent dans la salle des archives centrales pour trouver Karma à l’aide de l’ordinateur. L’arme Karma est en fait une femme, Chloé Lynch. Une fois localisée, Section part à sa recherche au club Solar, mais DeFalco l’enlève et fait exploser le bateau. La JSOC se lance à sa poursuite en éliminant tous les mercenaires présents dans le bateau. Section parvient à rattraper DeFalco et l’élimine une bonne fois pour toutes. La JSOC a maintenant Karma de son côté.
Remarque : Karma peut, si David n’arrive pas à temps, être capturée par DeFalco. Dans ce cas, la JSOC pourra la délivrer lors de la mission Force d’assaut « Deuxième Chance ».
Deuxième Chance (Force d’assaut 2025)
En cas d’échec de la mission « Karma », Mason envoie ses troupes pour localiser et évacuer Chloé. Des hélicoptères lancent des fumigènes pour couvrir les troupes au sol, pendant que celles-ci fouillent les maisons dans la zone. Quand le joueur trouve Karma, il a la possibilité de la contrôler. Elle et les troupes rejoignent un hélicoptère, puis s’échappent.
Remarque : La mission peut encore se solder par un échec, ce qui est très pénalisant pour avoir une « bonne fin ».
Souffrances (1989)
David décide d’aller voir Woods pour savoir la vérité sur la mort de son père. En 1989, Woods et Mason avaient pour mission de capturer Manuel Noriega qui s’était allié avec Menendez en 1986. Ils se rendent donc chez James McKnight qui leur explique le plan. Woods et Mason vont participer à l’invasion américaine du Panama. La C.I.A a déjà commencé à attaquer la ville. Ils finissent par capturer Noriega et à enterrer sa réputation en dissimulant des indices trompeurs dans sa chambre. Woods et Mason veulent se rendre au point d’évacuation mais Hudson leur apprend par radio que Noriega doit être échangé avec un autre prisonnier. Mason et Woods réalisent que quelque chose ne va pas, notamment dû à l’échange de prisonniers et aux indices de la C.I.A retrouvés dans les missions précédentes. Nos amis luttent contre les forces de Noriega et aux mauvais coups de celui-ci. Mason et Woods se séparent et Woods se rend sur le toit pour abattre la cible, Menendez, à l’aide de son Barrett M82. La balle atteint la jambe de la cible, bien qu’elle soit présumée morte. Woods voit Noriega sourire et se doute de quelque chose ; il court vers la cible et retire le sac de sa tête. Woods, à son grand choc, s’aperçoit que la cible était en fait Mason ! Woods tente d’abattre Noriega mais il se fait capturer par Menendez en personne. En guise de bienvenue, ce dernier lui tire deux balles, une dans chaque jambe.
Hudson, prisonnier, a dû faire le maximum sous la menace de Menendez pour que David (alors âgé de 10 ans) ne soit pas tué à la place de son père. Menendez, fou de rage, exige une autre victime et c’est finalement Hudson qui se fait tuer. Menendez s’en va et laisse Woods et David seuls avec les corps sans vie de Mason et de Hudson. Retour en 2025. David n’en revient toujours pas que ce soit Woods qui ait tué son père, mais il rassure Woods en lui disant qu’il ne pouvait rien faire. David est plus déterminé que jamais à tuer Menendez.
Remarque : Si le joueur décide de tirer dans la tête de Mason, il meurt, mais pas s’il lui tire dans le genou. Si Mason vit, il apparaît dans une cinématique à la fin du jeu.
Élimination (Force d’assaut 2025)
Tian Zhao, chef de la SDC, est allé trop loin, et les Chinois ne le contrôlent plus. La présidente Bosworth a fait son choix et décide de faire assassiner Zhao. La JSOC se rend donc au Pakistan et attaque un convoi aérien dans lequel se trouve Zhao. L’ADAV de Zhao s’écrase et la JSOC part le retrouver, mais la SDC est sur place. Après une bataille intense, la JSOC pose un module de piratage près de l’ADAV pour y avoir accès. Les portes s’ouvrent et Zhao blessé finit éliminé. La force d’assaut a atteint l’objectif et la SDC rejoint les SEAL pour mettre fin à cette deuxième guerre froide.
Derrière le voile (2025)
Farid, agent infiltré et guidé par Harper, est maintenant aux côtés de Menendez afin de le capturer. Farid suit Menendez pour son discours mais ils se font attaquer par l’armée yéménite, alliée des Américains. Farid doit rejoindre la citadelle où se trouve Menendez à la suite de l’attaque, et il se voit obliger d’éliminer les forces armées yéménites pour garder sa couverture auprès des hommes de Menendez. Au moment où Farid rejoint Menendez, Harper se pointe, mais Menendez abat l’ADAV de Harper et capture ce dernier. Menendez demande à Harper qui l’a trahi, mais ce dernier refuse de parler. Farid est malheureusement forcé de tuer Harper sous ordre de Menendez. Section et Salazar interviennent alors et consolent Farid en lui disant qu’il n’avait pas le choix. Après une longue bataille contre les mercenaires, Section et Salazar réussirent à capturer Menendez.
Remarque : Farid pouvait aussi essayer de tuer Menendez mais ce dernier le tuerait, laissant du coup le corps sans vie de Farid bien que Harper ait été sauvé par Section.
Ulysse (2025)
Maintenant dans l’Obama, David interroge Menendez mais ils se font attaquer par les mercenaires. Menendez se libère et retient Salazar en otage. David se rend pour sauver Salazar et se fait assommer. David se réveille ; lui et Salazar tentent tout pour retrouver Menendez avant de se séparer. Briggs désactive les systèmes de sécurité afin de relancer le système. Menendez en profite et capture Briggs. Briggs ordonne à Salazar de lui tirer dessus pour abattre aussi Menendez. Mais Salazar, qui était, en fait, un agent infiltré, se retourne contre la JSOC. Il tue deux soldats et tente de tirer sur Karma, mais Farid s’interpose et se fait tuer à sa place. Ne voulant pas tuer Briggs, Salazar demande à Menendez de tirer dans la jambe de Briggs. Le joueur a alors le choix de tuer Briggs ou de le blesser. Menendez pirate les données du vaisseau et contrôle maintenant les drones américains. Salazar se livre à la JSOC et Menendez s’enfuit ; David tente de le rattraper mais en vain. Il réussit à prendre un drone et pourchasse Menendez. Les Chinois arrivent ensuite pour sauver l’Obama.
Remarque : Si Farid meurt dans « Derrière le voile », il ne pourra pas sauver Karma. Elle ne pourra donc pas neutraliser le virus. De plus, Harper, bien vivant si l’on essaye de tuer Menendez dans la mission précédente, tuera Salazar de sang-froid après sa trahison.
Cordis Die (2025)
La flotte de drones contrôlée par Menendez vole au-dessus de Los Angeles et Section doit assurer la protection de la présidente des États-Unis Bosworth qui se rendait au sommet du G20. La ville est completèment chamboulée par des drones, des ASD, des quadrotors, des avions. Avec les forces de la présidente et Anderson au soutien aérien, Mason doit protéger la présidente à l’abri par tous les moyens possibles. (par camion, par avion, par voiture).
Jugement Dernier (2025)
Maintenant que tout va bien pour la présidente, il reste une dernière étape. Mason doit à tout prix stopper la transmission des drones américains contrôlés par Menendez dans une ultime course contre-la-montre dans une base d’opérations à Haïti avec tous ses soldats du JSOC. Arrivés à la salle de contrôle, Mason parvient à couper la transmission mais Menendez diffuse un discours en direct sur toutes les télés. Pendant le discours, il détruit les drones en contrôle au lieu de s’en servir. Son but n’était pas d’anéantir la société mais de la libérer en coupant ses moyens de défense. Tout le monde le voit comme un libérateur de société. À la fin du discours du Menendez, un soldat du JSOC fouille un corps de leur. Mais Mason crie et le soldat du JSOC explose avec une bombe. La base est ravagée et Mason n’a plus qu’un objectif : terminer avec Raul Menendez.
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