Le combattant de MMA Cole Young, habitué à perdre pour de l’argent, ignore son héritage ou pourquoi l’empereur Shang Tsung a envoyé son meilleur guerrier, Sub-Zero, un Cryomancien d’un autre monde, pour le traquer. Craignant pour la sécurité de sa famille, Cole part à la recherche de Sonya Blade sous la direction de Jax, un major des forces spéciales qui porte le même étrange dragon que Cole. Bientôt, il se retrouve au temple de Lord Raiden, un Dieu aîné et le protecteur de Earthrealm, qui accorde le sanctuaire à ceux qui portent la marque. Ici, Cole s’entraîne avec les guerriers expérimentés Liu Kang, Kung Lao et le mercenaire Kano, alors qu’il se prépare à affronter les plus grands champions de la Terre contre ses ennemis dans une bataille aux enjeux élevés pour l’univers.